Den sydlige del af Serengetis næsten endeløse græssavanne kaldes Ndutu-området. Det er opkaldt efter den saltholdige sø Lake Ndutu, der, ligesom den nærliggende Lake Masek, ligger midt i et gigantisk fladt område med ganske korte græsser, mens skråningerne ned mod søerne er klædt i åben akacieskov. Selvom det oftest betegnes som det sydlige Serengeti, ligger størsteparten af området reelt i Ngorongoro Conservation Area sammen med det berømte krater, mens selve Serengeti National Park ligger nord og vest herfor.
Ndutu-området er især kendt for at lægge græs til den store flok på mere end en million vandrende gnuer og zebraer, ”den store migration”, i årets første måneder. Det er måske den allervigtigste destination på denne store årlige vandring på grund af det korte græs. Det skyldes, at netop denne type græs er meget rig på mineraler fra den vulkanske jord, hvilket er vigtigt for gnuernes kalve og zebraernes føl. De bliver næsten alle født i dette område, hvor de altså dier i de første måneder af deres liv. Den mineralrige mælk er derfor en livsvigtig start for omkring en halv million gnukalve og zebraføl, der kommer til verden fra december til marts. Flere hundrede tusind gazeller opholder sig også på de kortgræssede sletter i denne periode, så mængden af dyr er helt unik.
Ud over de store flokke af gnuer, zebraer og gazeller i sæsonen, er Ndutu-området også berømt for at huse hele seks af Afrikas kattearter; fra den lille afrikanske vildkat over de noget større servaler og karakaler til de helt stor, nemlig løve, leopard og gepard. Især for sidstnævnte er det blandt de absolut bedste lokaliteter på hele kontinentet at se denne ultimative sprinter. Også hyæner ses hyppigt i området, hvor især den plettede hyæne er talrig og lever i store flokke, mens den sky stribede hyæne lever som solist og ses oftere her end de fleste andre steder.
Når de korte græsser tørrer ud fra juni til november og de store dyreflokke trækker nordpå, så ses de fleste dyr i områdets akacieskove omkring søerne. Her lever bl.a. elefanter og giraffer samt flere arter af antiloper og aber. I Ndutu- og Maseksøerne, der begge er lavvandede saltsøer, lever enkelte flodheste, mens der til tider ses mange flamingoer. Fuglelivet er i det hele taget yderst rigt og varieret, og hvis enkelte fugle skal fremhæves, må det være de mange rovfugle og især gribbe, der ses i stort antal.
